LXL04_001164 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001164

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 21351179-21352917 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1659 bp · LXL04_001164|LXL04_001164|OH1004|cDNA

ATGGCTACTTGCACACACctcttcttcctcctcctcctcGTCCTCGCAGTACTCCTCCTTCCCACCACCTCTTCCACCGTCTCACCACCTTGCCAATACACTCCATACCCATCATTCTGTCGATCATCCCTTCCCATCAGCAACTCCTCCGCCAATGTCTACGACTATGGCCGCTTCTCCGTCCGTAAATCCATATCCGCCGCTGATAAATTCTCCGCCATGATTGATAAATACCTCAGCCGCTCCTCTGGTTTGACCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1659 bp · LXL04_001164|LXL04_001164|OH1004|CDS

ATGGCTACTTGCACACACCTCTTCTTCCTCCTCCTCCTCGTCCTCGCAGTACTCCTCCTTCCCACCACCTCTTCCACCGTCTCACCACCTTGCCAATACACTCCATACCCATCATTCTGTCGATCATCCCTTCCCATCAGCAACTCCTCCGCCAATGTCTACGACTATGGCCGCTTCTCCGTCCGTAAATCCATATCCGCCGCTGATAAATTCTCCGCCATGATTGATAAATACCTCAGCCGCTCCTCTGGTTTGACCAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

552 aa · LXL04_001164|LXL04_001164|OH1004|PROTEIN

MATCTHLFFLLLLVLAVLLLPTTSSTVSPPCQYTPYPSFCRSSLPISNSSANVYDYGRFSVRKSISAADKFSAMIDKYLSRSSGLTTGAIHALQDCQYLARVNIDFLTSAFQTVDKSQTALSTTKSQDIQTMLSGILTNTETCIDGLQSISASWTSKNGILAPLANDNKLYSVSLSLFNRGWGNVKNKKKSSLVSPHKKHIGFKNGRLPLKMSERSKAIFETVGRRKLLQTDDAGDQVVVSDIVVVSQDGSGNFTTITDA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001164`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_001164

位置 Chr01:21351179-21352917 (-)

描述 Similar to PME41: Probable pectinesterase/pectinesterase inhibitor 41

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g02330`	通过细胞壁果胶的去甲基酯化作用来修饰细胞壁。	暂无已核实直接文献
`At1g02810`	通过细胞壁果胶的去甲基酯化作用来修饰细胞壁。	暂无已核实直接文献
`At2g47550`	通过细胞壁果胶的去甲基酯化作用来修饰细胞壁。	暂无已核实直接文献
`At3g10720`	通过细胞壁果胶的去甲基酯化作用来修饰细胞壁。	暂无已核实直接文献
`At5g04970`	通过细胞壁果胶的去甲基酯化作用来修饰细胞壁。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001164 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程

GO:0042545 cell wall modification 生物过程

GO:0045490 pectin catabolic process 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0030599 pectinesterase activity 分子功能

GO:0046910 pectinesterase inhibitor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G02810

ath:AT2G47550

ath:AT3G10720

ath:AT4G02330

ath:AT5G04970

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.435

排名 1 · LXL04_001164 · OH-1004

细胞膜0.148

排名 2 · LXL04_001164 · OH-1004

内质网0.128

排名 3 · LXL04_001164 · OH-1004

溶酶体／液泡0.127

排名 4 · LXL04_001164 · OH-1004

细胞质0.106

排名 5 · LXL04_001164 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04043.21PMEI31-177 aa

PF01095.26Pectinesterase244-538 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001164	`PF04043.21`	PMEI	31	177	2e-22	80.7
LXL04_001164	`PF01095.26`	Pectinesterase	244	538	1e-131	438.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RXK7`	拟南芥	Probable pectinesterase/pectinesterase inhibitor 41	59.397%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SRX4`	拟南芥	Probable pectinesterase/pectinesterase inhibitor 7	59.091%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O22256`	拟南芥	Probable pectinesterase/pectinesterase inhibitor 20	59.743%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q94CB1`	拟南芥	Probable pectinesterase/pectinesterase inhibitor 25	45.841%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FF77`	拟南芥	Probable pectinesterase/pectinesterase inhibitor 47	46.041%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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