LXL04_000936 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000936

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 16888229-16891598 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2490 bp · LXL04_000936|LXL04_000936|OH1004|cDNA

ATGGCGTCTAAAGCTTCTTTGCTTCTCTCCTTCCTCCTCCTCGTCTCCACCTGCCTCGCCCACCAccagcaacaacaacaaaagcagcagcagcagcagtgGCAGCCGCAAAACCAATGCCAGATTAGCAGAATCGATGCTCTTGAGCCCGTCGAGAGGATCCAAGCTGAAGCTGGTGTCACCGAGATCTGGAACACCGACGAGAAGCAGTTCCAATGTGCCGGCGTTGAGTTTATCCGACACCGCGTTCAACCTGGTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2490 bp · LXL04_000936|LXL04_000936|OH1004|CDS

ATGGCGTCTAAAGCTTCTTTGCTTCTCTCCTTCCTCCTCCTCGTCTCCACCTGCCTCGCCCACCACCAGCAACAACAACAAAAGCAGCAGCAGCAGCAGTGGCAGCCGCAAAACCAATGCCAGATTAGCAGAATCGATGCTCTTGAGCCCGTCGAGAGGATCCAAGCTGAAGCTGGTGTCACCGAGATCTGGAACACCGACGAGAAGCAGTTCCAATGTGCCGGCGTTGAGTTTATCCGACACCGCGTTCAACCTGGTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

829 aa · LXL04_000936|LXL04_000936|OH1004|PROTEIN

MASKASLLLSFLLLVSTCLAHHQQQQQKQQQQQWQPQNQCQISRIDALEPVERIQAEAGVTEIWNTDEKQFQCAGVEFIRHRVQPGGLLLPSYVNAPLLSFIEKGRAVQGVILPGCPETYESSQEQLSGQSERRGQRFQGVQQDRHQKVENLKEGDVVAIPAGAAHWIYNDGDTELVAVVFFDTQNNANQLDQNHRRFFLAGNPQAQSQQQQGQRQPRRQQGREQPYLNAGNIFNGFDAEFLVEAFNVERETIEKLQGQR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000936`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_000936`
位置	Chr01:16888229-16891598 (+)
描述	Similar to HAG3: 11S globulin seed storage protein G3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_000936` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0010431 seed maturation 生物过程 GO:0048316 seed development 生物过程 GO:0043245 extraorganismal space 细胞组分 GO:0019863 IgE binding 分子功能 GO:0045735 nutrient reservoir activity 分子功能 GO:0046872 metal ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	jre:108996042 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.306

排名 1 · LXL04_000936 · OH-1004

细胞质0.199

排名 2 · LXL04_000936 · OH-1004

溶酶体／液泡0.168

排名 3 · LXL04_000936 · OH-1004

细胞核0.123

排名 4 · LXL04_000936 · OH-1004

细胞外0.095

排名 5 · LXL04_000936 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00190.29Cupin_147-204 aa

PF07883.18Cupin_2148-181 aa

PF00190.29Cupin_1325-460 aa

PF13966.12zf-RVT562-627 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000936	`PF00190.29`	Cupin_1	47	204	9.4e-62	207.8
LXL04_000936	`PF07883.18`	Cupin_2	148	181	2e-07	31.3
LXL04_000936	`PF00190.29`	Cupin_1	325	460	9.4e-62	207.8
LXL04_000936	`PF13966.12`	zf-RVT	562	627	1.5e-11	45.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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