基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_000574
当前版本: OH-1004
染色体: Chr01
坐标: 10442210-10446387
链方向: +
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA1230 bp · LXL04_000574|LXL04_000574|OH1004|cDNA
ATGTCAAGGACAACGGCGGCGTCTTATTGGTGCTACAGATGCTCGCGGTTCGTCAGAGTATCGGCGGAAGACACCGTTTTGTGTCCATACTGTGAGGGTGGATTCTTGGAGGCTGTTGAAGCCAGCGAGCCTCCACCACTGGGGACACGCCGGAGGTTTCCTGCCTCGGCGATGTACATGCTTGGAAACAACGACCGATCAGATCTACGGTCACGGCGTGGTGGTCGGCGTAACAACGGAGACAGGTCTCCGTTCAATCC...
CDS
下载 CDS FASTA1230 bp · LXL04_000574|LXL04_000574|OH1004|CDS
ATGTCAAGGACAACGGCGGCGTCTTATTGGTGCTACAGATGCTCGCGGTTCGTCAGAGTATCGGCGGAAGACACCGTTTTGTGTCCATACTGTGAGGGTGGATTCTTGGAGGCTGTTGAAGCCAGCGAGCCTCCACCACTGGGGACACGCCGGAGGTTTCCTGCCTCGGCGATGTACATGCTTGGAAACAACGACCGATCAGATCTACGGTCACGGCGTGGTGGTCGGCGTAACAACGGAGACAGGTCTCCGTTCAATCC...
409 aa · LXL04_000574|LXL04_000574|OH1004|PROTEIN
MSRTTAASYWCYRCSRFVRVSAEDTVLCPYCEGGFLEAVEASEPPPLGTRRRFPASAMYMLGNNDRSDLRSRRGGRRNNGDRSPFNPVIVLRGPAEGNGAVEESGGGERGFELYYDDGAGSGLQPLPPTMSEFLMGSGFARLLDQLSQIEMNGLGRPGHPPASKAAIESMPMVEISEVHVSTESHCAVCKEAFVLRAEAREMPCKHIYHSDCILPWLALRNSCPVCRHELPTDSTDSNSSNPERSESNEEESAAVGLTIW...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_000574 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_000574 | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr01:10442210-10446387 (+) | ||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to RDUF1: E3 ubiquitin-protein ligase RDUF1 | ||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | ||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | ||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程 GO:0009414 response to water deprivation 生物过程 GO:0009651 response to salt stress 生物过程 GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程 GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程 GO:0009938 negative regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0047484 regulation of response to osmotic stress 生物过程 GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程 GO:1902006 negative regulation of L-proline biosynthetic process 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 | ||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT2G39720 ath:AT2G40830 ath:AT3G46620 ath:AT3G56580 ath:AT5G59550 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞质0.543
细胞核0.379
细胞膜0.159
内质网0.083
溶酶体／液泡0.071
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF14369.12Zn_ribbon_198-37 aaPF12678.14zf-rbx1184-227 aaPF13639.13zf-RING_2185-227 aaPF13923.13zf-C3HC4_2186-226 aaPF00097.32zf-C3HC4186-226 aaPF06547.18DUF1117255-364 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_000574 | PF14369.12 | Zn_ribbon_19 | 8 | 37 | 8.7e-13 | 48.9 |
| LXL04_000574 | PF12678.14 | zf-rbx1 | 184 | 227 | 4.2e-06 | 27.6 |
| LXL04_000574 | PF13639.13 | zf-RING_2 | 185 | 227 | 3.6e-11 | 43.9 |
| LXL04_000574 | PF13923.13 | zf-C3HC4_2 | 186 | 226 | 2.5e-07 | 31.1 |
| LXL04_000574 | PF00097.32 | zf-C3HC4 | 186 | 226 | 8.9e-06 | 26.2 |
| LXL04_000574 | PF06547.18 | DUF1117 | 255 | 364 | 3.7e-38 | 131.2 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q9SNB6 | 拟南芥 | E3 ubiquitin-protein ligase RDUF1 | 49.728% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
O22283 | 拟南芥 | Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHC2A | 51.662% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q940T5 | 拟南芥 | E3 ubiquitin-protein ligase RDUF2 | 49.444% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q94AK4 | 拟南芥 | E3 ubiquitin-protein ligase RZF1 | 36.170% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
O22197 | 拟南芥 | Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHC1A | 34.661% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |