LXL04_000465 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000465

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 8543852-8545415 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1140 bp · LXL04_000465|LXL04_000465|OH1004|cDNA

ATGGCAGGAAGGAAGAGAAGAAGACTAAAACTGTTATCAGTAACATTTAACAACGATACAAAAGCACCACCAAACGAAAACATCGAGCAGGAAGAACAAGAAGCATGGTCATACCTCCCAGAAGAACTCCTCGAATTCATAATCTCCCAATTAACTCTAAAAGACAACATCCGCACATCAGCAGTCTGCAAACGATGGTTCTCAGTGGCCCTATCAGTCAGAGTAGTCAACAAGCCACCATGGCTCATGTACTTCCCAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1140 bp · LXL04_000465|LXL04_000465|OH1004|CDS

ATGGCAGGAAGGAAGAGAAGAAGACTAAAACTGTTATCAGTAACATTTAACAACGATACAAAAGCACCACCAAACGAAAACATCGAGCAGGAAGAACAAGAAGCATGGTCATACCTCCCAGAAGAACTCCTCGAATTCATAATCTCCCAATTAACTCTAAAAGACAACATCCGCACATCAGCAGTCTGCAAACGATGGTTCTCAGTGGCCCTATCAGTCAGAGTAGTCAACAAGCCACCATGGCTCATGTACTTCCCAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

379 aa · LXL04_000465|LXL04_000465|OH1004|PROTEIN

MAGRKRRRLKLLSVTFNNDTKAPPNENIEQEEQEAWSYLPEELLEFIISQLTLKDNIRTSAVCKRWFSVALSVRVVNKPPWLMYFPKLGHRFEFYDPSQRKTYSLELPELHGCRICYNKDGWLLLYKPRTQRVLFFNPFTREMIKLPRFEMTYQIVAFSTSPKSPNCIVFTVKHVSPTVVAISTCHPGATVWTTVNYHNRLPFVSSIWNKLVFCNGVFYCLSLTGWLGVYDPRELTWTIRIVPPPRCPDNFFVKNWWKGK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000465`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000465

位置 Chr01:8543852-8545415 (-)

描述 Similar to At1g57790: F-box/kelch-repeat protein At1g57790

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g57790`	F-box/kelch重复蛋白 At1g57790。	暂无已核实直接文献
`At3g56470`	F-box蛋白At3g56470。	暂无已核实直接文献
`At4g00893`	F-box蛋白At4g00893。	暂无已核实直接文献
`At1g49360`	F-盒蛋白At1g49360。	暂无已核实直接文献
`At3g18720`	F-盒/凯尔奇重复蛋白 At3g18720。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000465 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G49360

ath:AT1G57790

ath:AT3G18720

ath:AT3G56470

ath:AT4G00893

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.556

排名 1 · LXL04_000465 · OH-1004

细胞核0.374

排名 2 · LXL04_000465 · OH-1004

细胞膜0.197

排名 3 · LXL04_000465 · OH-1004

内质网0.074

排名 4 · LXL04_000465 · OH-1004

质体0.036

排名 5 · LXL04_000465 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646.39F-box36-75 aa

PF12937.13F-box-like36-71 aa

PF03478.25Beta-prop_KIB1-494-328 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000465	`PF00646.39`	F-box	36	75	4.8e-08	33.3
LXL04_000465	`PF12937.13`	F-box-like	36	71	2e-07	31.4
LXL04_000465	`PF03478.25`	Beta-prop_KIB1-4	94	328	1.9e-31	110.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FVS1`	拟南芥	F-box/kelch-repeat protein At1g57790	43.429%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LXZ3`	拟南芥	F-box protein At3g56470	41.840%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q1G391`	拟南芥	F-box protein At4g00893	41.279%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9XIA2`	拟南芥	F-box protein At1g49360	34.595%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LSA5`	拟南芥	F-box/kelch-repeat protein At3g18720	36.182%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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