LXL04_000407 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000407

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 7580027-7584003 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1662 bp · LXL04_000407|LXL04_000407|OH1004|cDNA

ATGATAAATTGTTTTATTGCAGCTTCTGGGAATATTAGACAAAAAATGCAGAATCCAGACGACGTCCGCAACCTGCCGATCGACATCGCTTTTGCTCGTCTTGGTGAATGGCTGGTTGATCGGAAGAGAATACCATCGGATTGGAGAAAACGTGTAGCAGTTGTCAAAGCCAAAATATCTGCCGCTTATCAGTCTCTTCCTAAGGACGTTGATCCTTTCTTCCAAACCCTAGACCTCGATGGGATTGGATACCTAGAAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1662 bp · LXL04_000407|LXL04_000407|OH1004|CDS

ATGATAAATTGTTTTATTGCAGCTTCTGGGAATATTAGACAAAAAATGCAGAATCCAGACGACGTCCGCAACCTGCCGATCGACATCGCTTTTGCTCGTCTTGGTGAATGGCTGGTTGATCGGAAGAGAATACCATCGGATTGGAGAAAACGTGTAGCAGTTGTCAAAGCCAAAATATCTGCCGCTTATCAGTCTCTTCCTAAGGACGTTGATCCTTTCTTCCAAACCCTAGACCTCGATGGGATTGGATACCTAGAAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

553 aa · LXL04_000407|LXL04_000407|OH1004|PROTEIN

MINCFIAASGNIRQKMQNPDDVRNLPIDIAFARLGEWLVDRKRIPSDWRKRVAVVKAKISAAYQSLPKDVDPFFQTLDLDGIGYLEAKKIYDILLKSTPESRNIFGRLSGDAGAWEAIVRAFEKDHIYLGEAAQIMVQNVNYEIPYHKKLVQRTQQQLAELERKETDIKRNAALSATKYTEACQELGLQGLNVKLELLETATTSLPSTFTKMLEILNSDSVSQAIEFYSNFVKDAHTEKDKVPETVLPNLKDIIENPPLL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000407`
TK1151 ID	TkA01G613750
OH-1004 ID	LXL04_000407
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 97.288 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000407

位置 Chr01:7580027-7584003 (+)

描述 Similar to At5g06830: CDK5RAP3-like protein

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g06830`	E3连接酶复合物的底物适配器，介导UFM1（一种类泛素修饰物）共价连接到底物蛋白上，并且参与各种过程，如核糖体回收和网状内质网自噬（也称ER自噬）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000407 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000079 regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity 生物过程

GO:0001933 negative regulation of protein phosphorylation 生物过程

GO:0007095 mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling 生物过程

GO:0007346 regulation of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0008283 cell population proliferation 生物过程

GO:0010921 regulation of phosphatase activity 生物过程

GO:0030968 endoplasmic reticulum unfolded protein response 生物过程

GO:0031398 positive regulation of protein ubiquitination 生物过程

GO:0032790 ribosome disassembly 生物过程

GO:0034976 response to endoplasmic reticulum stress 生物过程

GO:0042177 negative regulation of protein catabolic process 生物过程

GO:0043407 negative regulation of MAP kinase activity 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G06830

hsa:80279

mmu:80280

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.495

排名 1 · LXL04_000407 · OH-1004

细胞核0.452

排名 2 · LXL04_000407 · OH-1004

高尔基体0.094

排名 3 · LXL04_000407 · OH-1004

溶酶体／液泡0.069

排名 4 · LXL04_000407 · OH-1004

细胞膜0.064

排名 5 · LXL04_000407 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05600.18CDK5RAP323-542 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000407	`PF05600.18`	CDK5RAP3	23	542	2.4e-166	555.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FG23`	拟南芥	CDK5RAP3 protein homolog	63.375%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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