LXL04_000339 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000339

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 6368798-6375191 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4541 bp · LXL04_000339|LXL04_000339|OH1004|cDNA

ATGCCAACCCTTAGCTTCTTATCCTGCGCCCCTCCTCCGCCTTCTTCTCCAACAGGCCTAGGgtttctttttctctctctatTCCCAAATAAAATTCATTCTTGTCTTCACAACCCCACGGTTTCACTTTCCTCCACACTGCCGCTTTCGAACACCCCATGGACTCGGATCGCCATATCAGGAACTCGTATAACTATTCGAATCTCTTCAATCTTGAGTCTCTGACGAAATTTCAACTACCTCAAGGTGATGAGTTTGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

4440 bp · LXL04_000339|LXL04_000339|OH1004|CDS

TTGTCTTCACAACCCCACGGTTTCACTTTCCTCCACACTGCCGCTTTCGAACACCCCATGGACTCGGATCGCCATATCAGGAACTCGTATAACTATTCGAATCTCTTCAATCTTGAGTCTCTGACGAAATTTCAACTACCTCAAGGTGATGAGTTTGATTATTATGCCAATAGTAGTCAGGGTGAGAGCAGAGGTAGCCGAGGTGGACCAATGACAGACCGAAGTAACGGAATGATGTTAGAAAAGAGAAAGAGGCGAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1479 aa · LXL04_000339|LXL04_000339|OH1004|PROTEIN

MSSQPHGFTFLHTAAFEHPMDSDRHIRNSYNYSNLFNLESLTKFQLPQGDEFDYYANSSQGESRGSRGGPMTDRSNGMMLEKRKRRNTNTYSSDEDQEGSYDTYFSEEQYRAMLGEHVHKYKRRHKSNNLPSSASTRNGMSGMKTSHGSKDHKSINGRPRGAHKESDFAADYGMERISEPGYLDIGDGITYKIPPMYESLSTSLNLPRTSEIRVEEFYLTGTLDLGSLASMMSADKRLGPKSGSGMGEPKPQYESLWARL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000339`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000339

位置 Chr01:6368798-6375191 (+)

描述 Similar to INO80: Chromatin-remodeling ATPase INO80

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g57300`	染色质重塑 INO80 复合物的 ATP酶组分，参与转录调控、DNA复制和DNA修复（通过相似性）。	The INO80 protein controls homologous recombination in Arabidopsis thaliana.2004 · DOI: 10.1016/j.molcel.2004.09.034 Epigenetic silencing of a multifunctional plant stress regulator.2019 · DOI: 10.7554/elife.47835

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000339 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000070 mitotic sister chromatid segregation 生物过程

GO:0000723 telomere maintenance 生物过程

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0006275 regulation of DNA replication 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006282 regulation of DNA repair 生物过程

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0010571 positive regulation of nuclear cell cycle DNA replication 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G57300

cim:CIMG_06054

hsa:54617

mmu:68142

uma:UMAG_00751

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.933

排名 1 · LXL04_000339 · OH-1004

细胞质0.136

排名 2 · LXL04_000339 · OH-1004

线粒体0.025

排名 3 · LXL04_000339 · OH-1004

细胞膜0.019

排名 4 · LXL04_000339 · OH-1004

内质网0.008

排名 5 · LXL04_000339 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13892.12DBINO344-474 aa

PF04851.22ResIII581-748 aa

PF00176.30SNF2-rel_dom585-883 aa

PF00270.36DEAD599-752 aa

PF00271.38Helicase_C1196-1306 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000339	`PF13892.12`	DBINO	344	474	1.1e-45	156.0
LXL04_000339	`PF04851.22`	ResIII	581	748	6.4e-09	36.6
LXL04_000339	`PF00176.30`	SNF2-rel_dom	585	883	7.4e-87	291.8
LXL04_000339	`PF00270.36`	DEAD	599	752	5.4e-06	27.0
LXL04_000339	`PF00271.38`	Helicase_C	1196	1306	2.3e-23	83.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RXS6`	拟南芥	Chromatin-remodeling ATPase INO80	66.225%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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