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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_000311
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 5794083-5795846 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

702 bp · LXL04_000311|LXL04_000311|OH1004|cDNA

ATGGACGAGAATGGCGGAGATGCCATGGAAACGGAGATGAGTAACGGTGGCGGAGGGACGACGGGGCTGTGTTTGAGCAGCTTAGTTGACGAAGGTAGCACCGAGAGTCACCGATACTACCTTTCACGTAGAACTCTGTTAGAGATGCTCAGAGACAGAGGTTACGATGTCTCCAATTCGGAAATCGAGCTCACTCTCCAGCAGTTCCGGGAACTCCATGGTCAAGTTGTCGACGTTGACCGTCTTCGAATCAGCGCTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

702 bp · LXL04_000311|LXL04_000311|OH1004|CDS

ATGGACGAGAATGGCGGAGATGCCATGGAAACGGAGATGAGTAACGGTGGCGGAGGGACGACGGGGCTGTGTTTGAGCAGCTTAGTTGACGAAGGTAGCACCGAGAGTCACCGATACTACCTTTCACGTAGAACTCTGTTAGAGATGCTCAGAGACAGAGGTTACGATGTCTCCAATTCGGAAATCGAGCTCACTCTCCAGCAGTTCCGGGAACTCCATGGTCAAGTTGTCGACGTTGACCGTCTTCGAATCAGCGCTTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

233 aa · LXL04_000311|LXL04_000311|OH1004|PROTEIN

MDENGGDAMETEMSNGGGGTTGLCLSSLVDEGSTESHRYYLSRRTLLEMLRDRGYDVSNSEIELTLQQFRELHGQVVDVDRLRISASHVSEPDNKILAVFCGTGVVKVNAIRWITTQIMNKESLSRLIIVVQSHITNQALKAVDLFPFKVDIFQITDLLVNITKHVLKPKHRVITDVEKAKLLKKFNLNEKQLPRMSQKDAIAQYYGLEKGQVIEVTYNGEITGLHVTYRCIW

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_000311
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_000311
位置Chr01:5794083-5795846 (+)
描述Similar to NRPE5A: DNA-directed RNA polymerase V subunit 5A
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g57080 DNA 依赖性 RNA 聚合酶使用四种核糖核苷三磷酸作为底物催化 DNA 转录为 RNA。
Identification of genes required for de novo DNA methylation in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.4161/epi.6.3.14242
At2g41340 DNA 依赖性 RNA 聚合酶使用四种核糖核苷三磷酸作为底物催化 DNA 转录为 RNA。 暂无已核实直接文献
At3g54490 DNA 依赖性 RNA 聚合酶使用四种核糖核苷三磷酸作为底物催化 DNA 转录为 RNA。 暂无已核实直接文献
At3g22320 DNA 依赖性 RNA 聚合酶使用四种核糖核苷三磷酸作为底物催化 DNA 转录为 RNA。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000311 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006362 transcription elongation by RNA polymerase I 生物过程
GO:0006366 transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0042797 tRNA transcription by RNA polymerase III 生物过程
GO:0000418 RNA polymerase IV complex 细胞组分
GO:0000419 RNA polymerase V complex 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005665 RNA polymerase II, core complex 细胞组分
GO:0005666 RNA polymerase III complex 细胞组分
GO:0005736 RNA polymerase I complex 细胞组分
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0003899 DNA-directed RNA polymerase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G41340
ath:AT3G22320
ath:AT3G54490
ath:AT3G57080
cbr:CBG_12745
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.902
排名 1 · LXL04_000311 · OH-1004
细胞质0.185
排名 2 · LXL04_000311 · OH-1004
线粒体0.030
排名 3 · LXL04_000311 · OH-1004
细胞膜0.017
排名 4 · LXL04_000311 · OH-1004
内质网0.010
排名 5 · LXL04_000311 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03871.21RNA_pol_Rpb5_N34-117 aa
PF01191.25RNA_pol_Rpb5_C160-232 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_000311PF03871.21RNA_pol_Rpb5_N341174.4e-2279.3
LXL04_000311PF01191.25RNA_pol_Rpb5_C1602321.7e-2898.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9M1J2拟南芥DNA-directed RNA polymerase V subunit 5A60.550%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9ZVB9拟南芥DNA-directed RNA polymerases IV and V subunit 5B61.765%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9M1H8拟南芥DNA-directed RNA polymerase V subunit 5C47.368%Swiss-Prot中等数据库同源证据
O81098拟南芥DNA-directed RNA polymerases II and IV subunit 5A36.000%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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